A simbologia da flor é das mais antigas e profundas de toda a Humanidade. Simboliza a beleza, a perfeição, o amor, a glória e a alegria, mas também a entrega a Deus, a evolução espiritual e a própria alma. A flor é também um símbolo feminino, ligado ao elemento água, ao planeta Lua e, consequentemente, à criação, à fertilidade e ao nascimento.
Independentemente do significado próprio da cada flor, as flores na generalidade e na sua essência são um símbolo passivo e recetivo, muitas vezes em forma de taça que recolhe o orvalho e a chuva, como manás do céu. Na arte japonesa do arranjo de flores, Ikebana, a flor é um símbolo de desenvolvimento interior, mas também representa, tida no conjunto do arranjo de flores, a estrutura do Universo, com as flores mais altas representando o Céu, as flores médias correspondendo ao Homem e as mais baixas a Terra. O Ikebana também pode traduzir sentimentos ou as tradições antigas e os ensinamentos dos antepassados.
Entre os Aztecas, as flores tinham o seu símbolo e a sua história associada aos mitos dos deuses e da criação. Na cristandade, a flor era um símbolo de perfeição espiritual da alma, representando de, alguma forma, o paraíso e a infância. Nas filosofias orientais tântricas e taoístas, a flor de ouro é o resultado do trabalho de evolução interior. Também no Oriente, a flor de lótus é talvez a flor mais simbólica comparável na sua importância e presença à flor de lis, no Ocidente, já que ambas emergem de solos aquosos, estão associados à água e à Lua. A flor de lótus, que já estava representada pelos Egípcios, é o símbolo da feminilidade, tanto em termos sexuais como na fecundação e no nascimento. O nome de lótus de ouro era o elogio maior que uma cortesã da China poderia ter. Surgida dos pântanos em toda a sua beleza, perfeição e esplendor, a flor de lótus é também sinónimo de pureza. Quando associada ao misticismo e à religião, o lótus é um símbolo de evolução e crescimento espiritual. No budismo representa a natureza de Buda, que está sentado nele como num trono.
A flor-de-lis ou de lírio é um símbolo de pureza, virgindade e perfeição na cristandade, mas na Grécia antiga era um símbolo de amores proibidos e da tentação, talvez pelo seu odor acre e doce, levemente erótico. Símbolo de amor e glória, o lírio traduz a confiança, o abandono completo e a dedicação a Deus, porque, embora não tecendo nem fiando, está mais bem vestido do que Salomão em toda a sua riqueza, como escreveu Mateus em "Olhai os lírios do campo..." .