União Ibérica

Em 1580, Portugal, para além de ver o seu império, que atingira o apogeu no segundo quartel do século XVI, ser largamente ameaçado pela concorrência europeia, perdia também a sua independência, ao passar a ser governado por Filipe II de Espanha.
Nas vésperas da perda da união dinástica o país debatia-se com enormes problemas financeiros, agravados pela contração de empréstimos do exterior, com juros cada vez mais elevados.
Os três principais destinos destas despesas públicas eram a Índia, a corte e o Norte de África. O investimento na Índia era justificado pelas riquezas que daí advinham. Contudo, Portugal perdera, entretanto, grandes lucros com a perda do monopólio do comércio das especiarias, resultante da recuperação da atividade comercial oriental dos muçulmanos e sofria com os ataques de pirataria e com os naufrágios que tinham nefastas repercussões nos lucros que a Coroa portuguesa colhia destes negócios. Os gastos da Coroa com a corte também estavam a aumentar, porque uma parte substancial da nobreza vivia das tenças e de prestações da fazenda real. Para agravar este estado de coisas, o número dos funcionários públicos crescia constantemente.
Quanto ao Norte de África, o rei D. João III limitava-se a manter as praças conquistadas, na impossibilidade de dar vida a um projeto em grande escala para este território. Além do mais, estas eram muito dispendiosas, a ponto de o rei decidir o abandono de Safim e Azamor (1541), Alcácer Ceguer (1549) e Arzila (1550).
Apesar do abandono destas praças, o Norte de África continuava a ser uma atração para a nobreza portuguesa, que pouco depois voltaria ao Norte de África para a expedição de Alcácer Quibir, sonhada por D. Sebastião.
Em 1557 morria D. João III, e voltava à discussão o retorno ao Norte de África decidido nas Cortes de 1562-1563. O subterfúgio utilizado para justificar uma nova intervenção surgiu quando Mulei Mohamed foi deposto pelo seu sobrinho Mulei Moluco, e se fez proclamar rei de Fez e de Marrocos.
D. Sebastião, aproveitando os desentendimentos internos desta nação, foi auxiliar o rei deposto. No entanto, as suas motivações eram muito mais amplas. Ao contrário do que sucedera durante o reinado de seu avô (D. João III) e durante a regência de D. Catarina de Aústria, na sua menoridade, veio, no seu reinado, definir uma política completamente diversa. Se aqueles dois governantes procuraram consolidar e defender o império ultramarino face à ameaça das nações do Noroeste europeu como a França, a Holanda e a Inglaterra, nomeadamente através de uma certa modernização dos nossos meios navais e de alianças e cooperação, neste sentido, com a monarquia espanhola, D. Sebastião, ao invés, pouco se preocupou com esses aspetos, desviando a sua atenção para o Norte de África. De acordo com a maioria dos investigadores, este monarca estava toldado por um espírito considerado "fora de época", medieval, influenciado pela aristocracia e disposto a empreender uma nova série de conquistas magrebinas que dariam um novo e vigoroso élan à nossa dinâmica imperial. Contudo, devemos analisar esta questão de forma mais ampla, considerando estas razões como explicativas apenas de uma parte da questão. Primeiro, porque o reinado e a ação política deste monarca, conhecido na História como O Desejado, estão, ainda, muito mal estudados. Segundo, porque uma das razões que o levavam a organizar esta "jornada de África", e que tem a ver com a ameaça exercida sobre a costa portuguesa pela pirataria árabe, era válida. Os constantes ataques à costa algarvia e sul da faixa ocidental são inegáveis e os relatos dão conta da insegurança sentida pelas populações. Um fortalecimento da nossa posição nesse território - que continuava a ser vital do ponto de vista estratégico - poderia ser vantajoso para Portugal, até porque, a partir daí, também se poderia esperar a possibilidade de uma maior interferência dos nossos navios nos circuitos comerciais mediterrânicos que, nesta altura, estavam em franca recuperação do abalo sofrido nos primeiros anos do século XVI com a preponderância da rota (portuguesa) do Cabo. Em 1578, partiu, então, para África acompanhado de um exército, que a 4 de agosto defrontou o inimigo árabe numa batalha em que o rei e milhares de portugueses perderam a vida.
Com a morte de D. Sebastião, o poder foi temporariamente entregue ao cardeal D. Henrique, tio de D. Sebastião, pois este jovem rei morrera sem deixar descendência. Durante o governo de D. Henrique o problema da sucessão foi resolvido através da via jurídica. Como candidatos surgiram D. Catarina, duquesa de Bragança e filha do infante D. Duarte; D. António, Prior do Crato, filho bastardo do infante D. Luís; e Filipe II de Espanha, filho da infanta D. Isabel de Portugal e de Carlos V, neto, por isso, de D. Manuel I.
Esta última candidatura veio a revelar-se a mais forte, pois o monarca espanhol tinha a seu favor uma imensa riqueza e grande poder, que usou para atrair o apoio de uma considerável parte da sociedade e da elite portuguesas, através de agentes como Cristóvão de Moura. Com a aceitação desta candidatura, Filipe II tornou-se rei de Espanha e Portugal, ou seja, na sua pessoa reuniu as duas coroas e deu início, em 1580, a uma nova fase da História de Portugal, que terminaria em 1640, com a restauração da independência.